各都市の座標をリスト化したファイル「Stlnav.obs」がステラナビゲータVer.5の不具合で書き変わってしまったものと思われます。

オリジナルの「Stlnav.obs」がDISC1の「Stlnav5」フォルダにありますので、このファイルをステラナビゲータVer.5をインストールしたフォルダ（例えば「C:\Program Files\AstroArts\」）の「Stlnav5」フォルダに上書きコピーしていただくことで元の状態に戻すことができます。ただしご自分で追加されたものについては戻りません。ご了承ください。

なお、この不具合に関しては「アップデートパック3」で修正されています。